Pengaruh metode ekstraksi DNA yang berbeda pada kuantifikasi cccDNA oleh qPCR dan SB dalam jaringan hati tikus USG yang terinfeksi HBV. ( A ) Presentasi skematis dari desain eksperimen yang digunakan untuk validasi silang. (B) Analisis SB pada ekstrak DNA yang tidak tercerna menggunakan probe DNA HBV di tiga laboratorium. ( C ) pengukuran qPCR dari total DNA HBV dan cccDNA dalam ekstrak DNA. Batang menggambarkan median dan rentang di keempat lab. ( D ) pengukuran qPCR dari cccDNA ditampilkan secara terpisah untuk setiap lab, relatif terhadap jumlah dalam ekstraksi DNA +PK. Batang menggambarkan rata-rata pengukuran duplikat. +PK, ekstraksi DNA total dengan pencernaan proteinase K; −PK, ekstraksi DNA total tanpa pencernaan proteinase K; cccDNA, DNA sirkular yang tertutup secara kovalen; HBV, virus hepatitis B; Hirt, ekstraksi DNA Hirt, yang tidak termasuk pencernaan proteinase K; qPCR, PCR kuantitatif; SB, bercak Selatan. Kredit: Gut (2023). DOI: 10.1136/gutjnl-2022-328380
Sekitar 300 juta orang terinfeksi virus hepatitis B (HBV) secara kronis, yang dapat menyebabkan sirosis hati atau kanker. Akibatnya, ada kebutuhan mendesak untuk pengembangan terapi kuratif HBV. Karena strategi replikasi HBV yang unik, bagaimanapun, kuantifikasi DNA virus dalam sel hati yang terinfeksi, yang penting dalam studi praklinis dan klinis, secara teknis sulit dan tidak standar.
Konsorsium penelitian internasional yang dipimpin oleh ilmuwan DZIF kini telah mengembangkan rekomendasi untuk pengoptimalan, kontrol, dan validasi pengukuran DNA virus kuantitatif, yang dapat menjadi penting untuk evaluasi praklinis dan klinis dari strategi terapeutik.
HBV adalah virus DNA yang secara khusus menginfeksi hepatosit manusia. Setelah infeksi, genom DNA virus diubah oleh enzim seluler menjadi DNA sirkular tertutup kovalen (cccDNA), yang membentuk kromosom mini yang stabil di dalam inti sel melalui asosiasi dengan protein kromosom seluler. Dalam bentuk ini, DNA virus kemudian berfungsi sebagai cetakan untuk pembentukan partikel virus baru.
Keterbatasan utama penelitian praklinis dan klinis HBV adalah kurangnya metode berbasis PCR standar untuk kuantifikasi spesifik DNA virus yang ada sebagai cccDNA dalam sampel yang terinfeksi HBV.
Sebagai bagian dari konsorsium internasional yang didukung oleh International Coalition to Eliminate HBV (ICE-HBV), para ilmuwan DZIF di University Medical Center Hamburg-Eppendorf, Heidelberg University dan Technical University of Munich bekerja sama dengan L’Agence nationale de recherches Prancis sur le sida et les hépatites virales (ANRS) dan rekannya di Gilead Sciences di AS untuk membandingkan protokol dan mengembangkan panduan praktik terbaik berbasis bukti untuk mengukur cccDNA dengan PCR kuantitatif.
“Ketika membandingkan protokol yang berbeda untuk mengukur DNA HBV dalam sampel jaringan, kami menemukan bahwa koeksistensi berbagai bentuk DNA virus serta kondisi pengawetan dan pengobatan sampel sangat memengaruhi kuantifikasi berbasis PCR dari HBV cccDNA,” kata peneliti muda DZIF Dr. Lena Allweiss, yang memimpin kolaborasi enam laboratorium peserta. Berdasarkan hasil studi, tim mengembangkan rekomendasi metodologi yang disesuaikan dengan jenis sampel untuk pengoptimalan, kontrol, dan validasi pengukuran kuantitatif HBV cccDNA.
“Studi ini akan membantu program penelitian penyembuhan HBV yang bertujuan menilai dampak terapi pada reservoir HBV seluler dalam studi praklinis dan uji klinis,” kata ketua studi Prof. Maura Dandri, ilmuwan DZIF di University Medical Center Hamburg-Eppendorf.
Informasi lebih lanjut: Lena Allweiss et al, Kuantifikasi virus hepatitis B cccDNA: pedoman berbasis bukti untuk memantau hambatan utama penyembuhan HBV, Gut (2023). DOI: 10.1136/gutjnl-2022-328380
Disediakan oleh Deutsches Zentrum für Infectionsforschung
Kutipan: Standar baru untuk mengukur reservoir virus hepatitis B dalam sel hati (2023, 6 Februari) diambil 6 Februari 2023 dari https://medicalxpress.com/news/2023-02-standards-quantify-hepatitis-virus-reservoirs.html
Dokumen ini tunduk pada hak cipta. Terlepas dari kesepakatan yang adil untuk tujuan studi atau penelitian pribadi, tidak ada bagian yang boleh direproduksi tanpa izin tertulis. Konten disediakan untuk tujuan informasi saja.