Kriteria teknis. Secara tradisional, satu set kriteria (atau filter) telah digunakan untuk memisahkan panggilan varian pengurutan generasi berikutnya berkualitas tinggi dari panggilan yang mungkin merupakan positif palsu analitik. Dalam kerangka yang direkomendasikan, laboratorium harus menggunakan dua tingkat kriteria: filter (panah bawah) yang dimaksudkan untuk menghapus panggilan varian yang kemungkinan positif palsu dan tidak boleh dilaporkan; dan kriteria yang jauh lebih ketat, dimaksudkan untuk memisahkan panggilan kepercayaan tertinggi, kemungkinan benar positif, dari kualitas rendah yang mungkin atau mungkin tidak benar. Menggunakan dua (atau lebih) level kriteria dengan konfirmasi ortogonal dapat meningkatkan spesifisitas dan, secara tidak langsung, sensitivitas (lihat Latar Belakang Teknis). Kriteria dalam kedua kasus tersebut harus divalidasi dan dapat mencakup metrik kualitas, konteks genomik, dan faktor lainnya (lihat Rekomendasi 5). Kredit: Jurnal Diagnostik Molekuler (2023). DOI: 10.1016/j.jmoldx.2023.03.012
Asosiasi untuk Patologi Molekuler (AMP) telah menerbitkan laporan yang dirancang untuk menetapkan rekomendasi untuk membakukan praktik konfirmasi ortogonal untuk varian germline yang terdeteksi oleh pengurutan generasi berikutnya (NGS).
Naskah, “Rekomendasi untuk Konfirmasi Varian Germline Pengurutan Generasi Berikutnya: Laporan Bersama Asosiasi Patologi Molekuler dan Perhimpunan Nasional Penasihat Genetik,” dirilis secara online sebelum dipublikasikan di The Journal of Molecular Diagnostics.
“Sementara NGS dengan cepat mengubah bidang pengujian genetik molekuler klinis, praktik konfirmasi ortogonal untuk varian germline dapat bervariasi antar laboratorium,” kata Kristy R. Crooks, Ph.D., Associate Professor dan Direktur Laboratorium di University of Colorado Anschutz Medical Campus , dan Ketua Kelompok Kerja Konfirmasi Varian Germline AMP NGS.
“Laporan baru ini memberikan rekomendasi untuk praktik konfirmasi ortogonal yang, sejalan dengan pedoman yang ada, dirancang untuk membantu mempromosikan standardisasi, transparansi, dan peningkatan kualitas di antara laboratorium.”
Komite Praktik Klinis AMP membentuk Kelompok Kerja Konfirmasi Varian Germline NGS untuk menilai bukti saat ini dan membakukan praktik konfirmasi ortogonal untuk membantu membatasi pelaporan positif palsu. Laporan baru ini menawarkan delapan rekomendasi berikut yang didasarkan pada tinjauan komprehensif literatur yang diterbitkan, data empiris, survei praktik laboratorium saat ini, umpan balik dari komentar publik terbuka, dan pengalaman profesional.
Laboratorium klinis yang menawarkan pengujian germline menggunakan NGS harus menetapkan kebijakan tertulis mengenai konfirmasi ortogonal dari hasil NGS. Kebijakan konfirmasi ortogonal laboratorium harus diawasi dan disetujui oleh profesional medis yang berkualifikasi dan bersertifikat dengan pelatihan dan pengalaman dalam NGS.Metode konfirmasi laboratorium, platform , dan bioinformatika terkait harus divalidasi dan dipelihara di bawah pengawasan peraturan yang sesuai untuk aspek pengujian lainnya. Metode konfirmasi laboratorium harus ortogonal. Hasil yang tidak sesuai antara NGS dan uji konfirmasi harus diselidiki dan diselesaikan, daripada menerima salah satu metodologi untuk selalu benar. Laboratorium harus melakukan pengujian konfirmasi untuk varian germline yang dilaporkan dengan implikasi klinis yang signifikan, kecuali untuk panggilan varian yang memenuhi kriteria teknis yang didemonstrasikan secara ketat untuk memastikan nilai prediktif positif yang tinggi dari NGS saja.Laboratorium harus mengartikulasikan dengan jelas kebijakan, kriteria, dan metode spesifik mereka mengenai konfirmasi ortogonal dalam bahan tertulis yang tersedia sesuai permintaan.Laporan uji klinis laboratorium harus meringkas kebijakan konfirmasi ortogonal di setiap laporan, dan bila ada pengecualian terhadap kebijakan dibuat, ini harus ditunjukkan dengan jelas. Pertimbangan khusus berlaku untuk jenis dan temuan pengujian berbasis NGS tertentu.
“Laporan baru ini dimaksudkan untuk meringkas keadaan pengetahuan kolektif saat ini dan membimbing para profesional laboratorium klinis mengenai konfirmasi ortogonal varian germline,” kata Susan Hsiao, MD, Ph.D., Associate Professor Patologi dan Biologi Sel di Columbia University Vagelos College Dokter dan Ahli Bedah, dan Ketua Komite Praktik Klinis AMP 2023. “AMP akan terus menilai ulang dan memodifikasi panduan kami karena metodologi dan bioinformatika yang mendasari deteksi varian berbasis NGS berkembang sebagai bagian dari komitmen berkelanjutan kami untuk meningkatkan praktik klinis dan perawatan pasien.”
Informasi lebih lanjut: Kristy R. Crooks et al, Rekomendasi untuk Konfirmasi Varian Germline Pengurutan Generasi Berikutnya, The Journal of Molecular Diagnostics (2023). DOI: 10.1016/j.jmoldx.2023.03.012
Disediakan oleh Asosiasi Patologi Molekuler
Kutipan: Rekomendasi berbasis bukti untuk konfirmasi varian germline sequencing generasi berikutnya (2023, 18 Mei) diambil 18 Mei 2023 dari https://medicalxpress.com/news/2023-05-evidence-based-next-generation-sequencing-germline -varian.html
Dokumen ini tunduk pada hak cipta. Terlepas dari kesepakatan yang adil untuk tujuan studi atau penelitian pribadi, tidak ada bagian yang boleh direproduksi tanpa izin tertulis. Konten disediakan untuk tujuan informasi saja.