Distribusi Temporal sekuens VOC SARS-CoV-2, persentase distribusi temporal sekuens garis keturunan rekombinan SARS-CoV-2 dan jumlah harian garis keturunan yang beredar: (A) Prevalensi varian SARS-CoV-2 yang menjadi perhatian (VOC) dengan X- sumbu menunjukkan tanggal pengumpulan urutan, sumbu Y menunjukkan beberapa urutan dikumpulkan dan disimpan dalam rata-rata bergulir 7 hari. VOC yang berbeda diwakili dalam warna yang unik. ( B ) Persentase urutan milik masing-masing garis keturunan rekombinan dengan sumbu X dan sumbu Y sama dengan Gambar 1A Tambahan. Silsilah rekombinan yang berbeda diwakili dalam warna unik yang sama dengan yang digunakan untuk mewakili silsilah rekombinan pada Gambar 1A. (C) Kurva area menunjukkan jumlah silsilah unik yang lazim setiap hari, dengan sumbu X mewakili tanggal pengumpulan urutan silsilah, sumbu Y mewakili jumlah silsilah unik yang beredar setiap hari dan warna mewakili jenis silsilah (rekombinan —merah, semua garis keturunan—abu-abu gelap Sumbu X dari ketiga grafik berkisar dari 1 Desember 2019 hingga 1 Juli 2022 dengan sumbu sumbu menunjukkan bulan dan disejajarkan membuatnya sebanding secara temporal satu sama lain.Kredit: Journal of Medical Virology (2023). DOI: 10.1002/jmv.28519
Pada Januari 2022, sekitar waktu varian omicron dari SARS-CoV-2 mulai menyebar dengan cepat, tim peneliti di Indian Institute of Science (IISc) yang dipimpin oleh Shashank Tripathi, Asisten Profesor di Departemen Mikrobiologi & Biologi Sel, dan Pusat Penelitian Penyakit Menular, memperhatikan bahwa ada peningkatan yang luar biasa tinggi dalam jumlah galur rekombinan dari varian omicron.
Tim menganalisis urutan genom dari semua jenis virus yang muncul antara November 2019 dan Juli 2022 di berbagai database di seluruh dunia. Dalam sebuah penelitian yang diterbitkan dalam Journal of Medical Virology, mereka telah mengidentifikasi beberapa mutasi baru yang terakumulasi melalui rekombinasi pada tingkat tinggi dan mempengaruhi protein virus, terutama bagian yang berbeda (domain) dari protein lonjakan virus.
Domain-domain ini—seperti Receptor Binding Domain (RBD) dan N Terminal Domain (NTD)—diketahui terlibat dalam pengikatan virus-host dan juga telah dilaporkan sebagai tempat serangan oleh sistem kekebalan host. Tim menunjukkan bahwa, dengan bantuan mutasi ini, beberapa galur rekombinan dan mutan omicron mampu melepaskan diri dari pertahanan inang dan mengikat lebih erat ke sel inang.
Pengamatan mereka menambah bukti yang berkembang tentang seberapa efisien galur virus baru dalam menghindari serangan kekebalan dan menyebabkan infeksi.
Virus seperti SARS-CoV-2 diketahui terus berubah, membuat sistem kekebalan tubuh kita sulit untuk mengidentifikasi dan menghancurkannya. Ini adalah perhatian utama saat membuat vaksin. Materi genetik pada SARS-CoV-2 adalah RNA beruntai tunggal yang panjang. Selain itu, protein yang diperlukan untuk membuat salinan RNA ini—RNA polimerase—dikenal rawan kesalahan pada virus ini.
Virus dapat berevolusi melalui salah satu dari dua mekanisme: mutasi atau rekombinasi, jelas Tripathi. “Ini adalah strategi untuk meningkatkan keragaman genetiknya.” Polimerase tidak hanya memungkinkan mutasi menumpuk, sering juga menyebabkan rekombinasi terjadi antara strain virus yang berbeda. Hal ini dimungkinkan bila terjadi koinfeksi—ketika sel inang terinfeksi oleh lebih dari satu galur virus.
“Saat menyalin RNA virus, polimerase dapat melompat dari satu template RNA ke template lain yang ada di dekatnya,” kata Tripathi. Jika sekuens terdekat adalah galur lain, maka salinan baru akan menjadi rekombinan atau hibrid dari dua galur tetua. Tripathi mengatakan saat ini terdapat lebih dari 35 rekombinan SARS-CoV-2. Misalnya, salah satu varian yang lebih efisien, XBB, yang muncul pada tahun 2022, lahir dari rekombinasi antara dua versi omicron lainnya, jelasnya.
Ada dua kemungkinan alasan untuk peningkatan peristiwa rekombinasi ini, menurut penelitian tersebut. Pertama, jumlah infeksi dan koinfeksi tinggi selama gelombang omicron 2022. Kedua, tim memperhatikan bahwa mutasi spesifik telah muncul pada gen virus untuk exonuclease, protein yang dapat membelah RNA dan diyakini terlibat dalam rekombinasi. Tripathi menjelaskan, “Temuan kami menunjukkan bahwa virus tidak mendingin tetapi sebenarnya memanas sejauh mutasi berjalan.”
Karena peningkatan rekombinasi dapat meningkatkan kemungkinan munculnya galur baru, melacak rekombinasi semacam itu melalui pengurutan virus secara teratur sangat penting, kata para peneliti.
Informasi lebih lanjut: Rishad Shiraz et al, Peningkatan rekombinasi di antara subvarian Omicron dari SARS-CoV-2 berkontribusi pada pelepasan kekebalan virus, Journal of Medical Virology (2023). DOI: 10.1002/jmv.28519
Disediakan oleh Institut Sains India
Kutipan: Peningkatan rekombinasi di antara varian omicron yang ditunjukkan berkontribusi pada pelepasan kekebalan virus, temuan studi (2023, 20 Maret) diambil 20 Maret 2023 dari https://medicalxpress.com/news/2023-03-recombination-omicron-variants-shown-contributes .html
Dokumen ini tunduk pada hak cipta. Terlepas dari kesepakatan yang adil untuk tujuan studi atau penelitian pribadi, tidak ada bagian yang boleh direproduksi tanpa izin tertulis. Konten disediakan untuk tujuan informasi saja.