Validasi imunogenisitas epitop ORF1ab dalam subset pembawa HLA-A*01:01 dan HLA-A*02:01 yang telah sembuh. Tingkat positif sejati untuk epitop ORF1ab yang ditetapkan dalam kelompok pembanding. Kredit: 2023 Shkurnikov dkk.
Varian delta SARS-CoV-2 yang menyebabkan gelombang ketiga COVID-19 pada pertengahan tahun 2021 ternyata lebih menular dibandingkan varian SARS-CoV-2 sebelumnya. Selain itu, mutasi protein pada varian delta ditemukan secara signifikan mengurangi efek imunitas humoral yang didapat terhadap COVID-19 dari infeksi atau vaksinasi sebelumnya.
Kekebalan yang didapat terhadap infeksi sebagian besar disediakan oleh limfosit T—sel sistem kekebalan yang mendeteksi antigen asing setelah infeksi dan memicu respons kekebalan. Inilah peran reseptor sel T (atau TCR), reseptor khusus pada permukaan sel T.
TCR bertanggung jawab untuk pengenalan patogen. Mereka dapat “mengingat” antigen spesifik yang sebelumnya ditemui dan meningkatkan respons kekebalan lebih cepat di lain waktu, sehingga melindungi tubuh dari infeksi ulang dengan virus yang sama.
Molekul antigen leukosit manusia kelas I (HLA-I) membantu TCR mengenali patogen. Molekul HLA-I mengikat molekul patogen dan menampilkannya pada permukaan sel yang terinfeksi, di mana mereka dapat dikenali oleh reseptor sel T.
Satu set gen HLA-I individu adalah unik. Inilah alasan utama mengapa infeksi virus menyerang orang dengan berbagai tingkat keparahan. Secara khusus, seperti yang telah ditunjukkan oleh para peneliti HSE sebelumnya, genotipe HLA-I individu menentukan predisposisi terhadap bentuk parah COVID-19.
Namun, hingga saat ini, genotipe pasien hanya dipelajari pada gelombang berbeda dari pandemi virus corona. Sejak saat itu, baik virus maupun kerentanan orang terhadapnya telah berubah secara signifikan.
Para peneliti membandingkan genotipe HLA-I pasien COVID-19 pada gelombang pandemi pertama dan ketiga. Genom pasien COVID-19 dianalisis, termasuk 147 pasien gelombang pertama (antara Mei dan Agustus 2020) dan 219 pasien gelombang ketiga (antara Juni dan Juli 2021).
Para peneliti melakukan pengetikan HLA dengan next-generation sequencing (NGS) yang mengidentifikasi varian bentuk gen (alel) pada individu tertentu. Para ilmuwan kemudian membandingkan frekuensi kemunculan alel di antara kelompok pasien.
Mereka menemukan separuh pasien dengan alel HLA-A*01:01 pada gelombang ketiga seperti pada gelombang pertama. Varian lain dari gen HLA-I sama-sama umum pada kedua kelompok.
Sebelumnya, alel HLA-A*01:01 diyakini terkait dengan risiko infeksi yang lebih tinggi dan perjalanan penyakit COVID-19 yang parah. Tapi sekarang para peneliti berpendapat bahwa alel ini mungkin lebih bermanfaat daripada yang diperkirakan sebelumnya. Fakta bahwa itu terjadi jauh lebih jarang di antara pasien gelombang ketiga mungkin menunjukkan bahwa pembawa alel ini telah mengembangkan kekebalan sel-T yang kuat terhadap COVID-19.
HLA-A*01:01 terutama berikatan dengan peptida yang berasal dari wilayah ORF1ab genom SARS-CoV-2. ORF1ab dianggap sebagai bagian genom yang konservatif, artinya kurang rentan terhadap mutasi dibandingkan wilayah lain. Agaknya, sistem kekebalan pembawa HLA-A*01:01 telah mempelajari cara mendeteksi COVID-19 meskipun terjadi mutasi.
“Sebelumnya, kami menunjukkan bahwa pembawa HLA-A*01:01 berisiko lebih tinggi terhadap COVID-19 parah. Namun, sebagian besar pasien, termasuk pembawa HLA-A*01:01, memiliki bentuk ringan atau bahkan tanpa gejala COVID-19,” jelas Kepala Laboratorium HSE untuk Penelitian Mekanisme Molekuler Umur Panjang Maxim Shkurnikov.
“Alasan mengapa kami menemukan penurunan jumlah pembawa alel ini di antara pasien gelombang ketiga mungkin karena sejumlah besar pasien ini telah terinfeksi pada saat gelombang ketiga melanda dan telah membentuk kekebalan sel T yang kuat. memungkinkan mereka untuk menghindari rawat inap kali ini.”
Selain itu, apa yang disebut sel T memori mendominasi pada mantan pasien COVID-19 dengan alel HLA-A*01:01; sel-sel ini menyimpan informasi tentang infeksi untuk waktu yang lama setelah dihilangkan, memungkinkan mereka untuk meningkatkan respons imun yang cepat setelah terpapar kembali.
Makalah ini diterbitkan dalam jurnal PeerJ.
Temuan studi menunjukkan bahwa sistem kekebalan pembawa alel HLA-A*01:01 cenderung lebih efektif dalam mengingat dan mengenali COVID-19 terlepas dari mutasinya. Ini menegaskan kemungkinan predisposisi genetik terhadap COVID-19 yang parah. Temuan ini juga dapat menginformasikan pengembangan vaksin COVID-19 yang efektif yang menargetkan wilayah genom ORF1ab.
Informasi lebih lanjut: Maxim Shkurnikov et al, alel HLA-A*01:01 berkurang pada populasi pasien COVID-19 terkait dengan kelimpahan epitop non-struktural dalam repertoar sel T CD8+, PeerJ (2023). DOI: 10.7717/peerj.14707 Di medRxiv: www.medrxiv.org/content/10.110 … 022.07.05.22277214v2
Informasi jurnal: PeerJ
Disediakan oleh Sekolah Tinggi Ekonomi Universitas Riset Nasional
Kutipan: Para peneliti mengungkapkan kecenderungan genetik terhadap kekebalan terhadap varian baru COVID-19 (2023, 17 Januari) diambil 17 Januari 2023 dari https://medicalxpress.com/news/2023-01-reveal-genetic-predisposition-immunity-variants. html
Dokumen ini tunduk pada hak cipta. Terlepas dari kesepakatan yang adil untuk tujuan studi atau penelitian pribadi, tidak ada bagian yang boleh direproduksi tanpa izin tertulis. Konten disediakan untuk tujuan informasi saja.