Kredit: Domain Publik Unsplash/CC0
Sebuah studi baru yang dipimpin bersama oleh ISGlobal, Pusat Penelitian Kesehatan Manhiça (CISM) dan Instituto de Biomedicina de Valencia (IBV), menggunakan teknologi pengurutan mutakhir dan analisis filogenetik untuk mempelajari gelombang kedua dan ketiga COVID-19 di Mozambik . Hasilnya, yang diterbitkan dalam The Lancet Global Health, menunjukkan bahwa varian beta dari SARS-CoV-2 tiba terutama dari Afrika Selatan, sementara delta datang terutama dari Inggris dan India, selain Afrika Selatan.
Sejak dimulainya pandemi, upaya global untuk mengurutkan SARS-CoV-2 telah menghasilkan jumlah data yang belum pernah terjadi sebelumnya (hingga saat ini lebih dari 15 juta urutan diunggah ke server GISAID).
Informasi ini sangat penting untuk memahami evolusi virus dan implikasi potensial untuk vaksin dan intervensi kesehatan masyarakat lainnya. Namun, asal sekuens yang diunggah tidak merata: pengambilan sampel tidak mencukupi di banyak wilayah di dunia, menghambat pengawasan genom di tingkat lokal dan global.
“Sebagian besar negara Afrika, dengan pengecualian Afrika Selatan, telah melaporkan jumlah sekuens yang sangat rendah. Di Mozambik, misalnya, kami memiliki sangat sedikit informasi tentang varian virus mana yang beredar selama gelombang COVID-19 yang berbeda, atau di mana mereka tiba dari dan kapan,” kata Alfredo Mayor, peneliti ISGlobal dan CISM.
Dalam penelitian ini, tim yang dipimpin oleh Walikota, Inácio Mandomando (CISM), Iñaki Comas (IBV) dan Mariana López (IBV), mengurutkan genom virus dari sampel pasien bergejala dari Mozambik selatan yang dikumpulkan selama gelombang kedua dan ketiga COVID-19. 19. Tujuan dari penelitian ini adalah untuk menghitung berapa kali varian virus yang berbeda telah masuk ke negara tersebut, untuk mengidentifikasi dari mana asalnya, dan untuk menilai seberapa besar kontribusi mereka dalam memicu pandemi lokal.
Tim peneliti menggunakan alat komputasi baru (UShER) untuk membandingkan urutan yang dihasilkan dengan lebih dari tujuh juta urutan yang dipublikasikan.
Perjalanan regional untuk beta, internasional untuk delta
Hasilnya mengonfirmasi bahwa sebagian besar dari hampir 1.000 sekuens dari Mozambik yang dianalisis dalam penelitian ini berhubungan dengan varian delta (yang mendominasi pada gelombang ketiga, antara Juni dan September 2021), diikuti oleh beta (yang mendominasi pada gelombang kedua, antara Januari dan Maret 2021), meskipun varian lain yang sebelumnya tidak dilaporkan di Mozambik (seperti AY.37 dan C..1.2) atau bahkan di Afrika (seperti AY.29) juga teridentifikasi.
Analisis menunjukkan bahwa varian beta diperkenalkan 190 kali secara independen selama periode tujuh bulan, sebagian besar dari Afrika Selatan, negara tetangga tempat varian tersebut diperkirakan berasal. Varian alfa, yang dominan di Eropa saat itu, tidak terdeteksi. Sebaliknya, delta diperkenalkan lebih cepat (sebagian besar dari 220 introduksi independen terjadi selama empat bulan) dan dari jauh: Inggris dan India, selain Afrika Selatan.
Delta dengan cepat mengambil alih beta, karena transmisibilitasnya yang lebih tinggi dan transmisi komunitas yang lebih besar. Hasil juga menunjukkan bahwa sebagian besar introduksi, baik beta maupun delta, tidak menghasilkan keturunan. Hanya sebagian kecil dari perkenalan yang berkontribusi pada penyebaran virus secara lokal.
“Kami dapat menyimpulkan bahwa COVID-19 ditransmisikan di Mozambik melalui migrasi regional (untuk beta) dan internasional (untuk delta),” jelas Inácio Mandomando, koordinator area penyakit tropis yang diabaikan oleh bakteri, virus, dan lainnya di CISM.
“Kami telah mencapai kesimpulan ini karena penelitian kami membandingkan urutan virus dari Mozambik dengan semua data yang tersedia di seluruh dunia; pendekatan ini memungkinkan kami untuk meminimalkan bias dalam menyimpulkan asal varian,” kata Iñaki Comas, peneliti utama dari Tuberculosis Genomics Unit (IBV).
Hasil ini menimbulkan pertanyaan tentang rasio biaya-manfaat dari langkah-langkah tersebut dalam konteks perbatasan yang keropos, seperti di Mozambik. “Pembatasan pergerakan dan penutupan perbatasan mungkin mencegah atau sebagian besar menunda masuknya varian dari negara-negara non-Afrika, tetapi tidak cukup untuk menghentikan masuknya virus dari negara tetangga,” Mariana López, seorang peneliti di Unit Genomics Tuberkulosis di IBV menyimpulkan .
Informasi lebih lanjut: Melacak introduksi SARS-CoV-2 di Mozambik menggunakan filogeni skala pandemi: studi observasi retrospektif., The Lancet Global Health (2023). DOI: 10.1016/S2214-109X(23)00169-9
Disediakan oleh Institut Barcelona untuk Kesehatan Global
Kutipan: Pelacakan SARS-CoV-2 di Mozambik (2023, 16 Mei) diambil 16 Mei 2023 dari https://medicalxpress.com/news/2023-05-tracking-sars-cov-mozambique.html
Dokumen ini tunduk pada hak cipta. Terlepas dari kesepakatan yang adil untuk tujuan studi atau penelitian pribadi, tidak ada bagian yang boleh direproduksi tanpa izin tertulis. Konten disediakan untuk tujuan informasi saja.